Elke school heeft een medezeggenschapsraad (MR) met een ouder- en een personeelsgeleding. Meer informatie over de MR is te vinden op de website van de betreffende school.

Omdat Panta Rhei meer dan één school beheert, is er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). Zaken die alle (of de meerderheid van de) scholen betreffen worden hier voor advies, instemming of ter informatie voorgelegd. Werkgroepen van de GMR bereiden de beleidsdocumenten voor, al dan niet in gesprek met de desbetreffende stafmedewerker, en brengen vervolgens een stemadvies uit aan de desbetreffende geleding of aan de voltallige GMR.  
De GMR bestaat uit 17 leden, kent een dagelijks bestuur, en vergadert in de regel vijf keer per jaar. In het schooljaar 2022-2023 zijn vergaderingen gepland op 12 oktober 2022, 15 december 2022, 22 februari 2023, 20 april 2023 en 13 juni 2023.
Jaarlijks organiseert de GMR een avond voor alle MR-leden van de scholen. Dit schooljaar vindt die avond plaats op 26 januari 2023. 

Meer informatie is te vinden in het:
GMR-reglement
- Huishoudelijk reglement GMR
- Medezeggenschapstatuut