Elke school heeft een medezeggenschapsraad (MR) met een ouder- en een personeelsgeleding. Meer informatie over de MR is te vinden op de website van de betreffende school.

Omdat Panta Rhei meer dan één school beheert, is er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). Zaken die alle (of de meerderheid van de) scholen betreffen worden hier voor advies, instemming of ter informatie voorgelegd. Werkgroepen van de GMR bereiden de beleidsdocumenten voor, al dan niet in gesprek met de desbetreffende stafmedewerker, en brengen vervolgens een stemadvies uit aan de desbetreffende geleding of aan de voltallige GMR.  
De GMR bestaat uit 17 leden, kent een dagelijks bestuur, en vergadert in de regel vijf keer per jaar. In het schooljaar 2024-2025 zijn vergaderingen gepland op 10 oktober 2024, 11 december 2024, 11 februari 2025, 15 april 2025 en 19 juni 2025.
Voorts organiseert de GMR jaarlijks een avond voor alle MR-leden van de scholen. Deze zal naar verwachting begin 2025 plaatsvinden. De exacte datum wordt zo spoedig mogelijk gecommuniceerd. 

Meer informatie is te vinden in het:
- GMR-reglement
- Huishoudelijk reglement GMR
- Medezeggenschapstatuut