Elke school heeft een medezeggenschapsraad (MR) met een ouder- en een personeelsgeleding. Meer informatie over de MR is te vinden op de website van de betreffende school.

Omdat Panta Rhei meer dan één school beheert, is er ook een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). Zaken die de meerderheid c.q. alle scholen betreffen worden hier voor advies, instemming of ter informatie voorgelegd. Werkgroepen van de GMR bereiden de beleidsdocumenten voor, al dan niet in gesprek met de desbetreffende stafmedewerker, en brengen vervolgens een stemadvies uit aan de desbetreffende geleding of aan de voltallige GMR.  
De GMR bestaat uit 18 leden, kent een dagelijks bestuur, en vergadert in de regel vijf keer per jaar. Voor de rest van dit schooljaar zijn vergaderingen gepland op  2 februari 2022, 20 april 2022 en 9 juni 2022. 

Meer informatie is te vinden in het
Medezeggenschapsstatuut
het GMR-reglement
het huishoudelijk reglement GMR