Panta Rhei omvat 17 scholen voor primair onderwijs in de gemeente Leidschendam-Voorburg (12), Voorschoten (3), Oegstgeest (1) en Den Haag (1). De scholen hebben een r.-k., algemeen bijzonder of openbare identiteit.

Het College van Bestuur (CvB) is het bevoegd gezag en de werkgever van alle personeelsleden. Het CvB bestuurt op hoofdlijnen, heeft de eindverantwoordelijkheid, stelt beleid vast, zorgt voor de continuïteit van de organisatie en onderhoudt contacten met belanghebbenden. 
De Raad van Toezicht (RvT) houdt toezicht op de kwaliteit van het bestuur, is werkgever van de leden CvB en moet goedkeuring verlenen aan de in de statuten genoemde zaken. 

Bij elke basisschool is de directeur de eerst verantwoordelijke ten aanzien van het onderwijskundig management en de operationele zaken op zijn/haar basisschool. De directeur participeert ook in de bovenschoolse beleidsontwikkeling. 

De doelstelling van de stichting en de taken en verantwoordelijkheden van de genoemde organen zijn vastgelegd in de statuten van Panta Rhei.